Les recherches du professeur Wojtek Michalowski portent notamment sur les lignes directrices de pratique clinique interprétables par ordinateur, l’analyse des décisions et la prise de décisions dans le domaine médical, les systèmes de soutien des décisions cliniques et la modélisation informatique des équipes de santé interdisciplinaires. Il est auteur et coauteur de plus de cent cinquante articles révisés par un comité de lecture.